文章摘要:矩镰荚苜蓿（Medicago archiducis-nicolai）广泛分布于中国西北高寒区，具有抗寒抗旱、耐牧耐贫瘠等优良特质，是一种具有较高开发价值的野生豆科牧草。为了深入研究矩镰荚苜蓿SSR和SNP，分析其整体分布变化规律及组成结构特征，本研究利用高通量分子测序方法对矩镰荚苜蓿地下芽进行转录组测序分析，通过MISA和GATK分析了植物转录本资料中的SSR和SNP相关信息。通过测序分析，共获得62 810条Unigene序列，总长度为86 643 794 bp，其中有19 450条Unigene序列含有SSR位点，经过位点搜索后共发现SSR位点28 914个，出现频率为46.0%，主要的优势重复类型为单核苷酸重复；A/T和AG/CT这两种基元的出现频率是最高的，是矩镰荚苜蓿SSR的优势重复基元，在所有重复次数中，9～12次之间出现的次数是最多的，占所有SSR位点的54.08%；通过SNP位点搜索，共获得695 069个SNP 位点，包括409 612个转换类型和285 457个颠换类型，转换类型是主要的变异类型。分析表明，矩镰荚苜蓿转录组中SSR和SNP类型丰富，位点出现频率高，具有较高的多态性潜力，可为后续准确开发SSR和SNP分子标记以及物种遗传多样性分析提供数据参考。

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论文分类号:S541.9